Theo tài liệu của Tiền Phong , trong quá trình điều tra vụ sai phạm xảy ra tại Công ty CP Phát triển nhà Thủ Đức (Thuduc House), Cục thuế TPHCM và các đơn vị liên quan mà TAND TPHCM đang xét xử sơ thẩm, Cơ quan CSĐT Bộ Công an bước đầu xác định, Cục thuế tỉnh Tây Ninh đã hoàn thuế cho Công ty Tây Nam 153 tỷ đồng.

Do thời hạn không đủ điều tra sai phạm nêu trên, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã chuyển hồ sơ vụ việc cho Công an tỉnh Tây Ninh tiến hành điều tra, làm rõ và xử lý theo quy định.

Theo thông tin ban đầu, Công ty Sài Gòn Tây Nam có trụ sở tại tỉnh Tây Ninh, hoạt động theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh do Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Tây Ninh cấp.

Khoảng tháng 2/2018, Trịnh Tiến Dũng (đang trốn truy nã) và Trần Hoàn Tiên (Giám đốc Công ty TNHH MEGA E&T VN) đến Công ty Sài Gòn Tây Nam gặp Nguyễn Ngọc Quí (Tổng giám đốc) và Nguyễn Thủy Quyên (Trưởng phòng kinh doanh) trao đổi, thống nhất việc cung cấp linh kiện điện tử để công ty xuất khẩu.

Các bên thỏa thuận, nhóm của Trịnh Tiến Dũng chỉ định về mặt hàng hóa, đối tác ký hợp đồng đầu vào, đầu ra, giá mua, giá bán. Phương thức thanh toán: Đối tác nước ngoài thanh toán trước 100% giá trị tiền hàng, Công ty Sài Gòn Tây Nam được hưởng lợi từ 1,55% đến 2% trên tổng trị giá tiền hàng bán ra trên hợp đồng nhưng phải ứng trước 10% tiền thuế GTGT tương ứng với trị giá hàng hóa đầu vào để thanh toán cho các công ty bán hàng trong nước, sau đó lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT để đối trừ số tiền thuế GTGT đã chuyển cho các công ty trong nước.

Sau khi thống nhất, Quyên báo cáo ban giám đốc Công ty Sài Gòn Tây Nam để thực hiện mua bán xuất khẩu linh kiện điện tử. Đến tháng 5/2019, Nghiêm Nhật Nam được bổ nhiệm giữ chức Tổng giám đốc Công ty Sài Gòn Tây Nam, tiếp tục chỉ đạo Quyên thực hiện các hợp đồng xuất khẩu linh kiện điện tử với lợi nhuận ròng tối thiểu 1% và giao Quyên lo các chi phí ngoài như tiếp khách, thanh tra, kiểm tra, hoàn thuế.

Sau đó, Trịnh Tiến Dũng chỉ đạo Trần Nhất Thanh (nhân viên làm thuê cho Dũng) thay Trần Hoàn Tiên điều hành toàn bộ việc mua bán, xuất khẩu với Công ty Sài Gòn Tây Nam. Các bên tiếp tục thống nhất cách thức mua bán xuất khẩu như trên.

Từ ngày 21/3/2018 đến ngày 20/5/2020, Công ty Sài Gòn Tây Nam lập, ký 139 hợp đồng bán hàng hóa là linh kiện điện tử với 6 công ty nước ngoài. Để hợp thức nguồn hàng hóa đầu vào, Trịnh Tiến Dũng sử dụng 5 công ty gồm: Công ty Minh Tâm, Công ty Vùng đất máy tính, Công ty MEGA E&T VN, Công ty CAD và Công ty Văn Nguyện, lập và ký 160 hợp đồng bán hàng cho Công ty Sài Gòn Tây Nam. Công ty Sài Gòn Tây Nam cũng sử dụng 141 hợp đồng ký kết với 5 công ty nêu trên, để hợp thức hóa đầu vào nguồn hàng hóa.

Trịnh Tiến Dũng đã chỉ đạo kê khai khống hóa đơn đầu vào để khấu trừ và quyết toán thuế, với mục đích không nộp 10% tiền thuế GTGT để chiếm đoạt.

Từ tháng 3/2018 đến tháng 5/2020, Công ty Sài Gòn Tây Nam sử dụng các bộ hồ sơ xuất khẩu hàng hóa (được hợp thức hóa nguồn hàng đầu ra, đầu vào) lập 11 bộ hồ sơ, đề nghị hoàn thuế và đã được Cục thuế tỉnh Tây Ninh ban hành 11 quyết định hoàn thuế GTGT với tổng số tiền 153 tỷ đồng.